¿Cómo aplicar bonificaciones por personal investigador a trabajadores ya dados de alta?

Una de nuestras empresas desea aplicar bonificaciones por personal investigador a trabajadores que ya están dados de alta. El CNAE de la empresa es ****, y en los estatutos se menciona que también pueden incluirse CNAE's relacionados con Investigación y Desarrollo.
Además, los auditores han enviado un documento para dar de baja 'ficticia' a los trabajadores y luego darlos de alta nuevamente para añadir el RLCE de investigadores.
Solicito información sobre este procedimiento, ya que lo que he encontrado en la Seguridad Social no me ha aclarado las dudas que tengo.