¿Cómo gestionar la baja de un trabajador que ha agotado los 545 días de IT?

Tengo un trabajador que ha agotado los 545 días en IT y debo cursar su baja en la empresa por esta causa. Mi pregunta es:

¿Debo realizar su liquidación completa, incluyendo vacaciones y otros conceptos, o es necesario esperar a la resolución sobre si se le concede la incapacidad permanente o si debe reincorporarse a la empresa?

Además, en caso de que deba esperar a la resolución, ¿cómo tendría que gestionar esta situación ante la Seguridad Social? ¿Cuáles son los pasos que debo seguir al respecto?