¿Cómo gestionar el pago de comisiones pendientes en la nómina?

En mi empresa, se me ha solicitado incluir en la nómina de noviembre de una trabajadora unas comisiones pendientes de años anteriores. Estas comisiones son de un importe muy elevado, en comparación con su retribución bruta mensual, que siempre ha sido notablemente inferior. ¿Cómo debería proceder en este caso? Además, tengo un programa de nómina. ¿Deberé presentar, una vez pagada esta nómina con la comisión, una liquidación distinta a la L-00 que utilizo todos los meses?