¿Cómo se calcula la nómina durante una baja por incapacidad temporal (IT) en el convenio de construcción?

Estoy realizando una nómina con baja por incapacidad temporal (IT) por contingencias comunes del convenio de construcción de Alicante. Para calcular las bases de contingencias comunes, mi software laboral suma el salario base, complemento a líquido, plus de transporte, plus de asistencia y la prorrata de pagas extras. Esto es correcto en un mes normal, sin baja. Sin embargo, tengo dudas sobre el mes en el que he registrado la baja. Mi software calcula todo lo anterior más la cotización por enfermedad, lo que incrementa considerablemente la base por contingencias comunes. En el siguiente mes, en el que estaré totalmente de baja, la base cambia de ****€ a ****€. Mis dudas son las siguientes: 1. ¿Debería sumar la cotización por enfermedad? 2. ¿Puedo eliminar el complemento a líquido, dado que ha pasado de ser mensual a diario?