¿Cómo se calculan las pagas extras para un trabajador en situación de IT?

Tengo una empresa con un trabajador que se encuentra en situación de Incapacidad Temporal (I.T.). Al calcular la paga extra de diciembre, noté que se le descontó la parte proporcional que ha estado recibiendo mensualmente con la prestación de I.T. Ahora, la empresa me informa que desea que el trabajador cobre la paga extra completa, como si no estuviera en situación de I.T. Mi duda es la siguiente: cuando calculo la Base Reguladora (BR) de la I.T., lo hago sobre la base de cotización de contingencias profesionales. Esto significa que, al recibir la prestación de I.T. en la nómina mensual, ya se incluye la parte proporcional de las pagas extras. Si la empresa quiere que le pague la paga extra completa en julio y diciembre, ¿no sería esto una duplicación del pago? Además, en términos de cotización, estaría pagando una paga por la que no he cotizado, ya que solo he estado cotizando por dos pagas extras. No estoy seguro si mi planteamiento es correcto. ¿Puedo utilizar la base de contingencias profesionales para calcular la BR de la I.T. y, al mismo tiempo, pagar las extras completas al trabajador? El programa de laboral me ofrece ambas opciones, pero no tengo claro cómo volver a pagar una paga extra que ya estoy pagando de manera prorrateada.