¿Cómo se gestiona el finiquito tras la incapacidad permanente de una trabajadora?

Tras realizar la baja por agotamiento de los 545 días de incapacidad temporal (IT) de una trabajadora, no se le abonó el finiquito correspondiente con las vacaciones acumuladas. Ahora que se le ha concedido la incapacidad permanente, tengo varias dudas que me gustaría aclarar:

• ¿La liquidación complementaria para cotizar las vacaciones no abonadas debe realizarse a través del modelo V03?
• ¿Qué motivo debería marcar en dicha liquidación complementaria?
• ¿A partir de qué fecha se debe calcular el finiquito: desde la baja por agotamiento de IT o desde que la empresa recibe la comunicación de incapacidad permanente?