¿Es obligatorio emitir la paga de atrasos si no supone un abono para los trabajadores?

Al calcular las nóminas de atrasos, tengo una duda específica sobre los meses de enero, febrero y marzo de este año. Recientemente se ha publicado una subida salarial y, en abril, planeo pagar conforme a la nueva tabla de salarios.

Los trabajadores han estado percibiendo un "cuenta convenio" que es superior a la subida aprobada. Sin embargo, al calcular las pagas de atrasos, me encuentro con importes negativos. Mi intención es seguir aplicando un "cuenta convenio" para que los trabajadores continúen ganando lo mismo que antes de la subida.

Por lo tanto, me gustaría saber: ¿es obligatorio emitir la paga de atrasos si no supone un abono para los trabajadores?