¿Qué implicaciones tiene el registro de jornada en papel para una empresa de 50 trabajadores?

Soy responsable de una empresa que cuenta con 50 trabajadores, todos a jornada completa y con contrato indefinido. Actualmente, realizamos el registro de jornada en papel. Recientemente, la Inspección de Trabajo visitó nuestras instalaciones y preguntó a los empleados sobre cómo llevamos este registro. Aunque tenemos el horario de trabajo establecido en nuestra página web y no realizamos turnos, los trabajadores informaron a la Inspección que nosotros completamos el horario de trabajo semanalmente y ellos solo lo firman. Me gustaría saber si esta práctica está tipificada en la Ley sobre Infracciones y Sanciones en el Orden Social (LISOS). Además, ¿podría haber sanciones por trabajador, considerando que somos 50 empleados? ¿Qué medidas podría tomar la empresa para defenderse en esta situación?