¿Qué implicaciones tiene la subrogación de empresa en caso de baja por incapacidad temporal?

Tengo una trabajadora que está de baja por incapacidad temporal. En este momento, estamos llevando a cabo una subrogación de empresa debido al fallecimiento de la empresaria, y su marido se queda al frente de la empresa. Mi consulta es la siguiente:

• ¿Hay algún problema si damos de baja a la trabajadora que está de incapacidad temporal (IT) en la anterior empresa y la damos de alta en la nueva empresa mientras está de baja?
• Además, la baja que pongo a los trabajadores es la 54, ¿no? Esto se debe a que ha fallecido la empresaria, pero se subrroga el marido.