¿Por qué se modifica la base de cotización de autónomos tras 90 días?

He recibido un email que dice textualmente: "La TGSS ha modificado su base de cotización de autónomo. La nueva base asciende a un importe de 1.000€. El motivo de este cambio se debe a que ha estado de alta más de 90 días como socio de una sociedad". ¿Podrían explicarme a qué se debe esta modificación? Además, me gustaría saber si esto afecta a la tarifa plana que podría estar disfrutando.