¿Cuál es la diferencia entre nómina y factura para un administrador societario en el sector del transporte?

¿Cuál es la diferencia entre nómina y factura para un administrador societario que realiza una actividad empresarial?
En mi caso, soy el administrador único de una sociedad de transportes de viajeros en autobús, con el CNAE: 4939. Actualmente, tengo una nómina como administrador con una retención del 35%.
Si decido darme de alta en la actividad empresarial 756.9 (otros servicios de mediación de transporte) y CNAE: 5529 (planificación y organización de transporte) en la Seguridad Social, me gustaría saber si podría emitir una nómina como "Gestor de transporte", ya que también cuento con la certificación de profesionalidad en transporte.
Por lo tanto, al encuadrar esta actividad empresarial como autónomo, ¿sería posible emitir una nómina?