¿Qué hacer con el código de baja en la Seguridad Social tras agotamiento de IT?

Tengo un trabajador que ha cumplido un periodo de 545 días de baja y se ha cursado su baja en afiliación por agotamiento de IT. Mi pregunta es: una vez que el tribunal médico le dé resolución sobre la incapacidad, ¿es necesario cambiar el código en la Seguridad Social? Entiendo que el agotamiento de IT se considera una "suspensión" del contrato y no una extinción del mismo. Sin embargo, tengo dudas sobre si esto podría afectar a futuras prestaciones.